La primera sede de la Nunciatura Apostólica estaba ubicada en la ciudad de Bogotá, en la calle 12, entre carreras 4 y 5, frente a la antigua Clínica Central, parte del terreno donde actualmente se encuentra la biblioteca Luis Ángel Arango.  No obstante, esta sede fue incendiada el 9 de abril de 1948, debido al Bogotazo.

Posteriormente, se adquirió una nueva sede en la Carrera 15 No. 36-33 que en los años siguientes se fue adecuando para construir la capilla. En esta sede se han hospedado S.S. Pablo VI, del 22 al 25 de agosto de 1968, con ocasión del XXXIX Congreso Eucarístico Internacional y de la apertura de la II conferencia General del Episcopado Latinoamericano en Medellín; S.S. Juan Pablo II, del 1 al 7 de julio de 1986, y S.S. Francisco, en la Visita Apostólica del 6 al 11 de septiembre de 2017.